1901年12月，距留学日本陆军士官的“清国留学生队第一期”学生毕业仅一个月，第二批清国军事留学生便在日本政府的批准下陆续入校，是为“清国留学生队第二期”。有趣的是，第二批就读于日本陆军士官学校的学生们，本不在清政府的计划之中。因为按照原计划，之后入校学习的“清国留学生队第三期”学生才是真正的“第二期”。这是怎么回事呢？
清国留学生队第二期学生的来源主要分为两批。其一为湖广总督所派留学生，其二为福建船政学堂所派“观操随员”。
由湖广总督所派留学生计40人。按照计划，这40名留学生中，有4人被指派学习测量、12人被指派学习农工商、24人被指派学习兵器学。这40人于1899年10月21日在上海坐船前往日本，随后进入成城学校补习日语，待毕业后根据计划分派学习。
由福建船政学堂所派的“观操随员”有6人。这6人于1899年10月31日在福州乘船抵达日本后，进行为期一周的观操，随后进入日本海军开始为期半年的“见学”。可见，湖广总督所派的40人和福建船政所派的6人，根本就没有计划让这46人进入日本陆军士官学校学习。
最先出现变化的是福建船政所派6人。这6名“观操随员”分别是王麒、张哲培、华承德、许崇仪、许崇智、冯耿光，皆为福建船政后学堂在学的优秀学生。他们在临近完成“见学”任务时，突然接到新的任务，即进入振武学校补习日语，并计划在毕业之后进入日本海军相关学校学习。
而正真促成“第二期”插队成为事实的主因得“归功”于一个人。这人便是宗室子弟——良弼。良弼的祖父曾官至大学士，后因罪被贬降级，父亲又因病早逝，因此在宗室中只是一个家道中落的“边缘人”。但良弼读书刻苦擅交际，获得清廷选拔进入京师同文馆学习日语，作为今后的外交人才培养。此后良弼又自费游学日本，在日期间的为人处事无丝毫不良习气。因此当清廷委托湖广总督张之洞考察在日游学的宗室子弟时，寄籍湖北武昌的良弼便脱颖而出，成为清廷拟建新军的重点培养的目标。良弼随即由自费生转为湖广总督所派的官费生，进入成城学校学习。
1901年3月，良弼与湖广总督和福建船政所派人员一同参加毕业考试。其中，福建船政所派学生许崇智因谎报年龄被校方发现（年仅15岁，谎报19岁），被迫留校延至第三期毕业，湖广总督所派学生则有15人未参加考试。因此实际通过考试被列为成城学校第二期毕业的学生仅31人，他们的姓名籍贯以及计划学习目标分别是：
成城学校第二期学生毕业后，湖广总督所派的25名毕业生便根据原计划准备分派学习测量术、兵器学和农工商业，福建船政所派的5名毕业生也准备开始学习海军。然而此时却发生了令人尴尬的事情。
由于良弼是临时被清廷决定选派为进入日本陆军士官学校学习的宗室子弟，而原计划的留日士官生都还在成城学校没毕业，这就导致良弼孤身一人无法“分配”（总不能让日方为了良弼单独开设一期吧）。加上原计划准备学习海军的5名学生也被日方所拒，这么一来就有6人面临无学可上的境遇。
经清廷与日方协商，决定从成城学校第二期毕业的其余30人中，抽调学习测量术的4人（即哈汉章、沉尚濂、舒清阿、宝瑛）、以及无法继续学习海军的5人（即王麒、张哲培、华承德、许崇仪、冯耿光）改学陆军。与此同时，原计划学习农工商业的易迺谦也申请改学陆军。于是上述11人便作为日本陆军士官学校清国留学生队第二期的预备学生，等待日方分配进入联（大）队充当士官候补生。
或许是清廷觉得只派11人入士官学校太亏的缘故，5月24日湖广总督又致电日方，决定将毕业于成城学校第二期剩余20人中除邓慎言、何敬、黄兴发、程勉、朱鼎彝、邓着6人外的14人改学陆军。6月11日，经日方批准，原计划学习兵器学的王遇甲等14人获准进入联（大）队。其中：
士官候补生入伍后给予上等兵，两个月后升伍长（下士），再过两个月升军曹（中士），直至结束入伍期。1901年11月30日，上述25人在联（大）队期满退队，并经考试合格后于12月正式进入日本陆军士官学校，并按照士官候补生阶段所服兵种分科入学，是为清国留学生队第二期。由于第二期学生主要是在湖广总督所派留学生中抽调，因此该期的学生籍贯大部分都是湖北籍。
按照日方对于日本陆军士官学校制订的教授课程，士官生应在校学习三年（含预科和本科两个阶段），但日方不愿意对中国学生倾囊相授，加上中国学生已大致在成城学校和进入部队担任士兵候补生阶段完成了预科教育，因此便按照对待“清国留学生队第一期”的模式，仍将课程删减压缩为一年，教授课堂、训练场地、住宿吃饭等也都严格与日本学生分离。
1902年11月，第二期学生经考试合格后全部顺利毕业，并在毕业当天晋升为曹长（上士）。在这25名毕业生中，年龄最大的是宝瑛，时年28岁（1874年）；年龄最小的是王麒，时年21岁（1881年）。现将这25名毕业生的姓名籍贯按同学录所记顺序列出如下：
步兵科16人，舒清阿（湖北荆州）、哈汉章（湖北汉阳）、良弼（直隶顺天，即北京，寄籍湖北武昌）、应龙翔（湖北汉阳）、冯耿光（广东番禺）、萧先胜（湖北德安）、宝瑛（湖北荆州）、吴祐贞（湖北德安）、敖正邦（湖北恩施）、蒋政源（湖北武昌）、余明铨（湖北武昌）、杨正坤（湖北汉阳）、华承德（江苏常州）、张长胜（湖北武昌）、张哲培（福建福州）、段金龙（湖北汉阳）；
炮兵科4人，龚光明（湖北武昌）、王遇甲（湖北武昌）、沉尚濂（湖北恩施）、许崇仪（广东番禺）；
按日方规定，上述25人在士官学校毕业后，皆需返回候补生期间的所在部队再见习三个月，完成后授予日军兵种少尉（注：毕业时校方只对日本学生“授剑”，中国学生无此待遇）。至1903年2月，25人中的18人在结束见习期后奉清政府命回国，另有步兵科毕业生良弼、吴祐贞、舒清阿、敖正邦、炮兵科毕业生龚光明、工兵科毕业生蓝天蔚申请继续留日深造，仍在各自所在部队见习，等待日方安排。剩余1人蒋肇鉴（革命党）滞留日本从事革命活动，一个月后因“游荡私出不归”、“有辱国体”等因，被押解回国。
1903年9月，经日方批准，舒清阿、敖正邦获准进入户山学校学习，蓝天蔚、龚光明获准进入陆军炮工学校继续学习，皆为两校留日生第二期，良弼、吴祐贞则仍留部队见习。但到10月，吴祐贞“有事”回国。11月，良弼也因“讲求武备颇有心得”奉调回国，因此两人皆未能进入户山学校学习。与此同时，已进入陆军炮工学校第二期学习的蓝天蔚也在11月“因事”请假回国，延至1904年1月又返回日本续学，但很快又奉调回国服务。是以仅户山学校学生舒清阿、敖正邦、陆军炮工学校学生龚光明3人于1904年1日完成第一阶段学业，随即奉命回国。
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